食品安全関係情報詳細
| 資料管理ID | syu06541090149 |
| タイトル | 欧州食品安全機関(EFSA)、「preDQ ? preDQのアップデート・アップグレード及びメンテナンス - HLA-DQ2及びHLA-DQ8への結合ペプチド予測ソフトウェアツールのロゴモデルの再評価」に関する外部機関による科学的報告書を公表 |
| 資料日付 | 2025年7月8日 |
| 分類１ | - |
| 分類２ | - |
| 概要（記事） | 欧州食品安全機関(EFSA)は7月8日、「preDQ - preDQのアップデート・アップグレード及びメンテナンス ? HLA-DQ2及びHLA-DQ8への結合ペプチド予測ソフトウェアツールのロゴモデルの再評価」に関する外部機関による科学的報告書を公表した(7月2日採択、PDF版20ページ、 https://doi.org/10.2903/sp.efsa.2025.EN-9585)。概要は以下のとおり。 《要旨》 preDQは、セリアック病への感受性と関連しているHLA-DQ2及びHLA-DQ8タンパク質に結合するペプチドを予測するソフトウェアツールである。preDQは、遺伝子組換え植物の評価に関するEFSAのガイダンスに従い、セリアック病の原因となる新たなタンパク質のリスクを評価するために設計された。 preDQの予測能は、5種のロバストなモデルの活用に依存しており、それぞれのモデルは5種類の対応するリスク評価アウトプットを生成する。これらのモデルは、HLA-DQ2.5及びHLA-DQ8.1に結合することが既知であるペプチド群、及び、結合しないことが既知であるペプチド群の双方を包含するデータセットを用いて開発され、リガンドベースの計算手法及び構造ベースの計算手法に由来し、内部交差検証及び外部データセットにより検証されている。preDQには、最も高い性能を示すモデルのみが実装されている。総括すると、preDQは、ペプチドのHLA-DQ2.5及びHLA-DQ8.1への結合親和性の評価のための、さらに、テストされたタンパク質がセリアック病を誘発する可能性を評価するための、包括的でユーザーフレンドリーかつ信頼性の高いツールである。 本報告書では、preDQのアップデート、アップグレード、メンテナンスを目的とするプロジェクトを提案する。ソフトウェアツール及びこれをサポートするモデルの製作者として、著者らは、モデルの導出及び検証に利用したデータセットの更新、新しいデータを用いた既存モデルの再評価、新モデルの導出、ツールのメンテナンス、ユーザー及びステークホルダーへの一貫したフィードバックの提供、導出したモデルの査読付きジャーナルへの掲載、EFSAの専門家との緊密な連携を提供する。 《中間報告の概要: ロゴモデルの再評価》 本報告書では、ロゴモデルの再評価が完了したことを報告する。結合ペプチドのコアの各部位におけるアミノ酸の正規化頻度から導出さる定量的マトリックス(QM)は、ロゴモデルと呼ばれる。以前のプロジェクトでは、各HLA-DQタンパク質に対して、結合ペプチド用ロゴモデル及び非結合ペプチド用ロゴモデルの2種のロゴモデルを取得し、preDQに実装している。このモデルは、LC-MSから得られた結合ペプチドの外部テストセット、及び、非結合ペプチドプールからランダムに選択された非結合ペプチドの外部テストセットにより検証されている。 今回のプロジェクトでは、得られたロゴモデルを、新たに収集された結合ペプチド及び非結合ペプチドに対して検証する。予測に問題がある場合は、モデルを再導出し、評価する。 導出されたロゴモデルは、収集された新たな結合ペプチド及び非結合ペプチドに対して検証され、以下の優れたパフォーマンスが実証された。 ・ HLA-DQ2.5に結合するペプチドの認識率は90% ・ HLA-DQ8.1に結合するペプチドの認識率は98% ・ HLA-DQ2.5及びHLA-DQ8.1の双方に結合しないペプチドの認識率は100% preDQツールの第2バージョンには、複数のアップデート及びアップグレードが含まれている。重要なアップグレードのひとつは、Food Nonamersデータベース収載の情報を統合したことであり、これによりユーザーは予測された結合ペプチドが食品中に存在するか否かを確認することができる。もう一つの重要な追加機能は、N/D-X1-P-X2セリアックモチーフの組み込みである。 《実施機関》 Medical University of Sofia、ブルガリア (補足) preDQ第1バージョンに関する報告書は以下より入手可能。 preDQ ? a software tool for peptide binding prediction to HLA‐DQ2 and HLA‐DQ8 https://doi.org/10.2903/sp.efsa.2023.EN-8108 |
| 地域 | 欧州 |
| 国・地方 | EU |
| 情報源（公的機関） | 欧州食品安全機関（EFSA） |
| 情報源（報道） | 欧州食品安全機関(EFSA) |
| URL | https://www.efsa.europa.eu/en/supporting/pub/en-9585 |
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