食品安全関係情報詳細
| 資料管理ID | syu05850450149 |
| タイトル | 欧州食品安全機関(EFSA)、ノロウイルスに汚染されたカキ検体への次世代シークエンス解析技術の適用に関する外部機関による科学的報告書を公表 |
| 資料日付 | 2022年6月15日 |
| 分類１ | - |
| 分類２ | - |
| 概要（記事） | 欧州食品安全機関(EFSA)は6月15日、ノロウイルスに汚染されたカキ検体への次世代シークエンス解析技術の適用に関する外部機関による科学的報告書(144ページ、2022年5月5日採択、doi:10.2903/sp.efsa.2022.EN-7348)を公表した。概要は以下のとおり。 ノロウイルス(NoV)等の胃腸炎ウイルスによる二枚貝(BMS: Bivalve molluscan shellfish)の汚染は、世界的に重要な公衆衛生上のリスクとして認識されている。これらの食中毒の流行は、関連する食品中のウイルス濃度が非常に低いこと、また生活排水に由来する多様なウイルス又は複数のNoV株により引き起こされ、様々なウイルス株が消費者に(共)感染することが特徴である。次世代シークエンス解析技術(NGS)は、二枚貝中に存在するウイルス株の多様性を明らかにするため、また集団感染環境における伝播経路を追跡するための有望な手段を提供するものであるが、このような用途におけるその感度及び再現性の評価は行われていない。 当該研究では、環境又は食品の二枚貝及びヒトの糞便検体中の多様なNoVの塩基配列を決定するための、3つの有望なNGS手法の能力を評価した。NoVの組成が既知の実験室調製検体を用い、遺伝子型I及びIIの代表的なNoV株及び二枚貝マトリクスの影響を考慮し、メタバーコーディング解析(metabarcoding)、キャプチャーベースメタゲノム解析(capture-based metagenomics)及びロングアンプリコンシークエンス解析 (long amplicon sequencing)の感度、再現性、反復性及び選択性を評価した。 (NoVの)ポリメラーゼ遺伝子とカプシド遺伝子領域を別々に増幅し、その後Illuminaシーケンスプラットフォームを用いて行うメタバーコーディング解析が最も感度の高い手法であった。当該手法は、欧州委員会のNoVベースライン調査(BLS)で収集された二枚貝212検体の選別に適用され、欧州のヒト集団で循環しているNoV株の多様性を反映した、二枚貝中のNoV塩基配列の高い多様性が示された。また、脊椎動物のウイルスの濃縮を行うキャプチャーベースメタゲノム解析が、これらのBLS検体のうちの20検体、及び集団感染に関連する二枚貝20検体並びに関連する10のヒト糞便検体に適用された。その結果、二枚貝では、糞便検体で特定されたウイルスゲノムと一致するNoVの塩基配列が得られたものの、感染源を明確に確認するためには短すぎるものであった。 当該報告書では、二枚貝中のNoVの分子疫学に適用可能な、バイオインフォマティクスパイプラインを含むNGS手法、及びその現在の限界と期待される結果について説明している。 |
| 地域 | 欧州 |
| 国・地方 | EU |
| 情報源（公的機関） | 欧州食品安全機関（EFSA） |
| 情報源（報道） | 欧州食品安全機関（EFSA） |
| URL | https://efsa.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.2903/sp.efsa.2022.EN-7348 |
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