食品安全関係情報詳細
| 資料管理ID | syu05430760149 |
| タイトル | 欧州食品安全機関(EFSA)、外部機関による科学的報告書「文献検索-食品及び飼料のリスク評価を支援するin silicoタンパク質毒性予測手法の探索」を公表 |
| 資料日付 | 2020年7月31日 |
| 分類１ | --未選択-- |
| 分類２ | --未選択-- |
| 概要（記事） | 欧州食品安全機関(EFSA)は7月31日、外部機関による科学的報告書「文献検索-食品及び飼料のリスク評価を支援するin silicoタンパク質毒性予測手法の探索」を公表した(5月28日承認、PDF版89ページ、doi: 10.2903/sp.efsa.2020.EN-1875)。概要は以下のとおり。 本報告書は、EFSA調達(NP/EFSA/GMO/2018/01)における成果であり、食品及び飼料のリスク評価の支援を可能とする、タンパク質毒性in silico予測手法に関する関連科学情報をレビューしている。 数種のタンパク質は、多様なメカニズムを介して、ヒト及び動物における有害(毒性)効果と関連づけられている。これらのタンパク質類は、敵対的環境に打ち勝つため、植物、動物、細菌により産生される。 本報告書では、毒性タンパク質に適用される、包括的な文献検索及びデータベース検索を遂行するための統合されたパイプラインを提示する。本パイプラインのインプットとして「毒素活性」及び「毒素-抗毒素」システム文字列(string)を使用した。UniProtKB(訳注1)を参照データベースとして考慮し、UniProtKBのキュレーターによりレビューされたタンパク質のみが本パイプラインにて検討されている。実験的に決定された構造及びホモロジーに基付くin silico 3Dモデルがタンパク質構造リポジトリから取得された。ファミリー関連情報、ドメイン関連情報、モチーフ関連情報等の分子シグネチャー(signature)関連情報も、InterPro(訳注2)コンソーシアム構成パーツである特異的データベースから取得された。有害効果と関連するタンパク質の凝集も、様々な検索戦略を用いて調査された。 本研究は、in slico予想手法を利用して新たなタンパク質に対する新奇のリスク評価戦略を探索するための基盤として貢献するものである。 (訳注1)UniProtKB(UniProt Knowledgebase)：Swiss SIB(Swiss Institute of Bioinformatics)が管理するタンパク質配列データベース。以下の2データベースを統合している。 1. タンパク質の機能、細胞内局在情報、ドメイン構成等の高水準のアノテーションが付加されたSwiss-Prot 2. EMBL塩基配列データベース登録遺伝子のタンパク質コード領域をコンピュータで翻訳したアミノ酸配列をSwiss-Protと同様の形式で登録したTrEMBL (訳注2)InterPro：タンパク質の配列にアラインされるSCOP、CATH、Pfam、TIGRFAMs、Prosite、PRINTS、ProDom、SMART等のドメインを統合し、一括表示をを実現したデータベース |
| 地域 | 欧州 |
| 国・地方 | EU |
| 情報源（公的機関） | 欧州食品安全機関（EFSA） |
| 情報源（報道） | - |
| URL | http://www.efsa.europa.eu/en/supporting/pub/en-1875 |
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