食品安全関係情報詳細
| 資料管理ID | syu05290360450 |
| タイトル | 論文紹介：「豚の共生大腸菌の薬剤耐性サーベイランスにおける全ゲノムシークエンス解析の活用、英国、2018年」 |
| 資料日付 | 2019年12月12日 |
| 分類１ | - |
| 分類２ | - |
| 概要（記事） | Eurosurveillance (2019 , 24(50):pii=1900136)に掲載された論文「豚の共生大腸菌の薬剤耐性サーベイランスにおける全ゲノムシークエンス解析の活用、英国、2018年 (Use of whole genome sequencing of commensal Escherichia coli in pigs for antimicrobial resistance surveillance , United Kingdom , 2018)、著者E Stubberfield、MF Anjum (Department of Bacteriology , Animal and Plant Health Agency , 英国)ら」の概要は以下のとおり。 潜在的な薬剤耐性(AMR)遺伝子のリザーバーである共生大腸菌は、ヒト及び動物の健康リスクを招くため、そのサーベイランスは重要である。多くのサーベイランス活動は表現型の特性評価に基づいているが、全ゲノムシークエンス解析(WGS)はその代案となる。 当該後ろ向き研究で著者らは、薬剤耐性形質の予測のためのWGSの活用について評価するために、豚由来の大腸菌515分離株について検査を行った。 臨床及び獣医療において重要な9種の抗菌性物質について最小発育阻止濃度(MIC)が測定された。欧州薬剤感受性試験委員会(EUCAST)の疫学的カットオフ(ECOFF)値を用いて野生株(完全に感受性)のMICの偏差について評価が行われた。英国動植物衛生庁(APHA)のSeqFinderを用いてAMR遺伝子及び変異の存在が調べられた。遺伝子型と表現型の一致を評価するために統計学的なtwo-by-two table analysis及びCohen’s kappa (k) testが適用された。 9つの抗菌性物質に対する感受性とWGSの結果の相関は、全体として、検査特異度については98.9%、陽性適中率については97.5%であった。全体のカッパ係数(k=0.914)は、AMR遺伝子の存在が感受性の減少を高度に予測することを示し、MICとの優れた相関性が明らかにされた。しかしながら、各抗菌性物質の間でばらつきがあり、5種の抗菌性物質では優れた(excellent)相関性が示された一方、4種では非常に良い(very good)相関性が、1種は中程度(moderate)の相関性が示された。 WGSはAMRの正確な予測のための強力なツールであり、国家サーベイランスの目的に使用できる。加えて、現在その表現型について監視されてはいないが、将来重要となる可能性のあるより広範な抗菌性物質の耐性遺伝子を検出できる。 |
| 地域 | その他 |
| 国・地方 | その他 |
| 情報源（公的機関） | - |
| 情報源（報道） | Eurosurveillance (2019 , 24(50):pii=1900136) |
| URL | https://eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2019.24.50.1900136 |
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