食品安全関係情報詳細
| 資料管理ID | syu05140370450 |
| タイトル | 論文紹介：「次世代シークエンシング技術によるSalmonella Agona集団感染菌株の遺伝的多様性と描写、バイエルン、ドイツ、1993-2018」 |
| 資料日付 | 2019年5月2日 |
| 分類１ | - |
| 分類２ | - |
| 概要（記事） | Eurosurveillance (2019;24(18):pii=1800303)に掲載された論文「次世代シークエンシング技術によるSalmonella Agona集団感染菌株の遺伝的多様性と描写、バイエルン、ドイツ、1993-2018 (Genetic diversity and delineation of Salmonella Agona outbreak strains by next generation sequencing , Bavaria , Germany , 1993 to 2018)、著者A Dangel (Bavarian Health and Food Safety Authority (LGL) , Oberschleissheim , ドイツ)ら」の概要は以下のとおり。 2017年、欧州において、フランスの供給業者由来の乳児用乳製品によってSalmonella Agonaの集団食中毒が発生した。同時期に、バイエルンの動物飼料検体中からS. Agonaが検出された。 本研究では次世代シークエンシング技術(NGS)及び3種のデータ解析法を用い、バイエルンの飼料由来菌株のクローン性(clonality)の検証、当該集団食中毒との関連性の除外、1993年から2018年の間にバイエルンで分離されたS. Agonaの遺伝的多様性の調査、そして遺伝的に単一なAgona血清型によって引き起こされた集団感染について描写するための能力や実用性に関して、用いた解析方法を比較することを目的とした。 当該観察的遡及調査において、2017年にバイエルンの飼料から分離された3菌株はフランスの集団食中毒菌株及び著者らの菌株コレクション由来のS. Agona分離株48菌株と比較された。後者はヒト、食品、飼料、動物及び環境から分離された菌株を含み、うち28菌株は疫学的に集団感染と関連している。全ての分離株はNGS及び以下に示す手法によって解析された。(i)公的に入手可能な種特異的コアゲノム多座塩基配列型別法(cgMLST)スキーム、(ii)一塩基多型(SNP)系統、及び(iii)自家製(in-house)血清型特異的cgMLSTスキーム。海外のS. Agona集団感染菌株のNGSデータを追加で用い、2種のcgMLSTスキームのクラスター解像力は評価された。 本研究によって、飼料分離株のクローン性は証明され、フランスの集団食中毒との関連性は排除された。全ての手法で過去のバイエルンの疫学的クラスターが確認された。 S. Agonaにおいてさえ、種レベルのcgMLSTは公衆衛生研究所によって標準化され得る妥当な解像度を提供できる。単一の検体、あるいは同質の検体一式に関しては、血清型特異的cgMLSTやSNP遺伝子型別によるより高い解像度が集団感染の調査を促進するだろう。 |
| 地域 | 欧州 |
| 国・地方 | ドイツ |
| 情報源（公的機関） | - |
| 情報源（報道） | Eurosurveillance |
| URL | https://eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2019.24.18.1800303 |
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