食品安全関係情報詳細
| 資料管理ID | syu04990540450 |
| タイトル | Eurosurveillance：「2010～2015年の欧州におけるリステリア症の全ゲノムシークエンシング強化サーベイランスの遡及検証」 |
| 資料日付 | 2018年8月16日 |
| 分類１ | - |
| 分類２ | - |
| 概要（記事） | Eurosurveillance (16 August 2018 , 23(33)）に掲載された論文「2010～2015年の欧州におけるリステリア症の全ゲノムシークエンシング強化サーベイランスの遡及検証（Retrospective validation of whole genome sequencing-enhanced surveillance of listeriosis in Europe , 2010 to 2015）、著者Ivo Van Walle（ECDC , スウェーデン）ら」の概要は以下のとおり。 1．背景及び目的：2008年以降、侵襲性リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｍ）の届出症例数は増加傾向にある。2015年に欧州連合/欧州経済領域(EU/EEA)では2 ,224症例の報告があった。ここでは、想定されている定期的な全ゲノムシークエンシング法（WGS)によるEU/EEA域の強化されたサーベイランスシステムを微生物学的及び疫学的観点で検証することを目的としている。 2．手法：2010～2015年にEU/EEA27か国の2 ,726症例の分離株について、WGS及びコアゲノム（cg）MLST法を実施した。 3．結果：汚染の品質管理、Lm混合培地及びシークエンス品質について、分析に適したゲノムの最小平均カバレッジ55xでほぼすべての分離株を分類した。異なる6つのパイプラインの間でのcgMLST変異体の評価では、リードベース分析に比べてアセンブリーベース分析に関連する変異体はわずかに少ないことが明らかになった。19件の確定集団感染事例からの152分離株、及びカットオフ値を7つの対立遺伝子の相違とするクラスターにおいて疫学的一致は良好であった(1 ,748遺伝子座及び1 ,701遺伝子座についての2つのcgMLSTスキームにおいて精度＞95％;PPV 58～68％)。 散発例の割合は50％をわずかに下回った。残りの分離株は、約3分の1は1か国以上が関与する感染小集団に含まれた。EU/EEA全体でデータを収集すると、複数国での感染小集団の検出は、各国レベルで最初に検出するのに比べて平均して数か月早くなった。 4．結論：これらの発見はEU/EEA全域でのリステリア症のWGS強化サーベイランスにとって良好な基礎を提供した。 |
| 地域 | 欧州 |
| 国・地方 | EU |
| 情報源（公的機関） | Eurosurveillance |
| 情報源（報道） | Eurosurveillance |
| URL | https://eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2018.23.33.1700798#abstract_content |
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掲載情報のタイトル及び概要（記事）は、食品安全委員会が和訳・要約したものであり、その和訳・要約内容について情報公開機関に対する確認は行っておりませんので、その文責は食品安全委員会にあります。
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