食品安全関係情報詳細
| 資料管理ID | syu05051110149 |
| タイトル | 欧州食品安全機関（EFSA）、食物媒介病原菌監視におけるゲノミクス統合のためのクロスセクター型プラットフォーム･INNUENDOに関する外部科学機関からの報告書を公表 |
| 資料日付 | 2018年11月28日 |
| 分類１ | - |
| 分類２ | - |
| 概要（記事） | 欧州食品安全機関（EFSA）は11月26日、食物媒介病原菌監視におけるゲノミクス統合のためのクロスセクター型プラットフォーム･INNUENDOに関する外部科学機関からの報告書を公表した（10月30日採択、PDF版142ページ、doi.org/10.2903/sp.efsa.2018.EN-1498）。概要は以下のとおり。 微生物及び化学物質ハザードの特定･特性決定のための新たなアプローチを求めるEFSAの呼びかけに応じ、食品媒介病原菌のアウトブレイク調査及び監視において全ゲノム配列の利用を可能とする、解析プラットフォーム構築及び標準手順作成を目的とするINNUENDOプロジェクトが始動した。 当該プロジェクトは、現存する欠陥や需要を特定した後に、適用可能なクロスセクター型解決法を提供することから着手された。当該プロジェクトは経済的及び人的資源が限られる小規模国が利用できるプラットフォームの開発に重点を置いている。これらの目標を達成するため、設計･開発･実施の全段階において、公衆衛生及び獣医学監督当局に所属する微生物学者等のエンドユーザーを含む、ユーザー中心の設計戦略を適用した。 その成果として、細菌ゲノムデータの管理･解析･共有のための、独立型、携帯型、オープンソース型及びエンド‐ツー‐エンド型システムである、INNUENDO Platform V1.0を公開した。当該プラットフォームは、Nextflowワークフローマネージャーを使用し、ユーザーフレンドリーなインターフェイスを利用できる種特異的プロトコルにおいて、分析ソフトウェアモジュールをアセンブルする。プロセスの再現性は、Dockerコンテナーの使用及びオントロジーを利用した全プロセスのアノテーションを通じて保証される。以下を含む数種のモジュールは開発を完了している。 1. ゲノムアセンブリ及び種の確認 2. 高速ゲノムクラスター化 3. in silicoタイピング 4. 革新的gene‐by‐gene方法論に基づく標準化された種特異的系統学的枠組み(Campylobacter jejuni、Yersinia enterocolitica、Salmonella enterica及びEscherichia coli用) 5. 未処理リードから対立遺伝子コーリングまでの品質制御法 6. 報告システム 7. アウトブレイク調査時の円滑な情報交換を可能とするビルトイン通信プロトコル及び系統分類システム 当該コンセプトの証明として、提案されたソリューションは欧州各地の公衆衛生及び獣医学監督当局により、アウトブレイクのシミュレーション状況下にて綿密にテストされ、その結果は、複数の経路(ウェブサイト、科学的出版物、ワークショップ団体)を介して公表された。 INNUENDO Platform V1.0は、ゲノム疫学においてオープンソース型ソフトウェアの効果的利用を可能とするモデルの一つである。 当該科学的意見書は下記URLより入手可能。 https://efsa.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.2903/sp.efsa.2018.EN-1498 INNUENDOプロジェクトの詳細は下記URLより入手可能。 https://sites.google.com/site/theinnuendoproject/ INNUENDO Platform V1.0は下記URLより入手可能。 https://innuendo.readthedocs.io/en/latest/ モジュール類は下記URLより入手可能。 https://github.com/TheInnuendoProject |
| 地域 | 欧州 |
| 国・地方 | EU |
| 情報源（公的機関） | 欧州食品安全機関（EFSA） |
| 情報源（報道） | 欧州食品安全機関（EFSA） |
| URL | http://www.efsa.europa.eu/en/supporting/pub/en-1498 |